Madrasah Tsanawiyah Wahid Hasyim menerapkan kurikulum pendidikan nasional yang dikelola secara terpadu, dengan sistem pesantren (boarding school) dengan menekankan pada Penanaman Akhlakul Karimah, Penguasaan Al-Qur’an (Tahfidzul Qur’an), Bahasa Asing (Arab dan Inggris), dan Penguasaan Kitab Kuning.