Madrasah Tsanawiyah Wahid Hasyim dibawah Yayasan Pondok Pesantren Wahid Hasyim Yogyakarta adalah Lembaga Pendidikan Islam Modern berbasis Pesantren yang terakreditasi “A”. Menerapkan kurikulum yang dikelola secara terpadu dengan sistem pesantren (boarding school) dengan menekankan pada empat program unggulan.

Empat program unggulan Madrasah Tsanawiyah Wahid Hasyim Yogyakarta, yaitu;

  1. Penanaman Akhlakul Karimah
  2. Penguasaan Al-Qur’an (Tahfidzul Qur’an)
  3. Penguasaan Bahasa Asing (Arab & Inggris)
  4. Pendalaman Kitab Kuning

Demi menumbuhkan jiwa kepemimpinan (leadership) dan kemampuan membuat jaringan (fundraising) yang sangat dibutuhkan oleh calon-calon pemimpin bangsa. Lingkungan Madrasah dan Pesantren dibentuk beberapa organisasi seperti; OSIS, Rusanta/ Rusanti (Pengurus Harian Santri Putra/ Putri), LDT (Lengauge Development Team), dan Klub Intensif Pendalaman Kitab.